相对于开凿运河所需要的人力物力财力，两个湖的海拔落差也是很大的问题，相比于尼罗河与红海的几米的水位落差而言，这两个高原湖的落差达到了惊人的1096肘尺（548米），基伍湖是2920肘尺（1460米），帕特罗克勒斯湖是1824肘尺（912米）很可能需要建造无数船闸才可通行。但是通过对坦噶尼喀湖的海拔高度探测，帕特罗克勒斯又否定了先前的想法，因为坦噶尼喀湖的海拔只有1548肘尺（774米），相对于帕特罗克勒斯湖的1832肘尺，相差还要大。而帕特罗克勒斯湖离基伍湖相差23.6帕拉桑，南面上游的鲁特绍鲁河中端离基伍湖约11帕拉桑，相较于两处的距离来看，总体坡度约为0.5度，这个海拔差也就不算什么了。
古希腊时期探测海拔高度的方法是通过三角测量法进行的，这种方法利用了三角形的特性，通过测量角度和边长来计算高度。早在两百多年前，古希腊哲学家泰勒斯就提出了估算金字塔高度的方法，他在地上竖起一根小木棒，通过测量木棒的高度和木棒影子的长度，计算出太阳光与地面的夹角。然后，利用这个角度和金字塔影子的长度，计算了金字塔的高度。
这种方法基于的原理是，如果在同一时间测量一个小物体的高度和它的影子长度，可以推算出太阳光与地面的夹角。接着，利用这个角度和要测量物体（如金字塔）的影子长度，可以计算出物体的高度。这种方法不仅适用于测量金字塔，也适用于测量其他高度较高的物体，如山峰。尽管这种方法相对简单，但它展示了利用几何原理进行高度测量的基本思想，对后来的测量技术产生了深远的影响。
现在唯一所需要担心的是流量问题，因为基伍湖的深度据帕特罗克勒斯探查平均也就200多肘尺（实际117米），就算流干了，河床的海拔高度也要远远高于南北的两个湖泊。但是帕特罗克勒斯还有一张王牌就是万一出现水量不够的问题，可以将西侧通往洛瓦河的河道封住，基伍湖到洛瓦河的溢出量较大。只要运河的水量小于洛瓦河，则不可能出现基伍湖流干的问题。另外还可以在鲁济济河与洛瓦河段建造大坝控制流量，所以事实上这条运河是完全不需要建造船闸的。
其实非洲这块大湖区，从最北边儿的奥林匹亚斯湖，往南到帕特罗克勒斯湖、基伍湖、坦噶尼喀湖和马拉维湖，这一大串湖泊其实都是在东非大裂谷里。在远古时代，坦噶尼喀湖的湖水曾经通过东非大裂谷注入到艾伯特湖，继而进入尼罗河。也就是说，在远古时代，尼罗河的长度比现在还要长一千多公里。
但是到了中新世，维龙加山脉火山爆发，把这条河道给堵了，从此坦噶尼喀湖就跟尼罗河没什么关系了，所以卡盖拉河成为了尼罗河的最远源头。但同时也说明，两个湖之间的打通基本不会出现基伍湖水流干的问题。
但是两个湖之间的维龙加火山带却成了最大的障碍，挖岩浆可比挖泥土难了无数倍。帕特罗克勒斯让城里的铁匠铺全力打造铁镐、铁锹、铁凿子和铁锤，并让木匠们制作扁担、运输车，妇女们则用藤条编织起了大量藤框、藤篓等容器。
维龙加火山有8个主要的火山，其中位于东南方向的卡里辛比火山海拔最高，达到4507米。在山脉中部和东部有6座死火山，以米凯诺火山和萨比尼奥火山为最老，始于更新世早期，火山口已经消失，侵蚀成崎岖地形。山脉西端的尼拉贡戈火山和尼亚姆拉吉拉火山形成还不到2万年，有许多火山口，熔岩仍在活动，并远流到基伍湖。
其中，尼拉贡戈火山位于维龙加山脉西端，是非洲最危险的火山之一。尼拉贡戈火山火山口直径2000米，深244米。从诞生至今，尼拉贡戈火山一直保持着活动的状态，每天释放出来的二氧化硫气体达数万吨。还好它在山脉的西面，要是横亘在中间就彻底歇菜了。饶是这样，时不时还是有硫磺的味道能传到中部，只不过不是很浓，达不到致死量。
维龙加山脉仍保存着原来树林的残迹：较高的地方密密麻麻地长着竹子；再高处是交织在一起的树木、灌木和草地；在3000米的高度上生长着硕大无比的扫帚树、山埂叶和狗舌草；而在4000米以上，几乎只有苔藓、青草和地衣能够生存了。此外，这里还居住着180余种鸟雀和60多种哺乳动物，有豹、灵猫、鬣狗、胡狼、水牛、野猪、大猩猩和象等。
维龙加山脉耸立於人口稠密的高原之上，高原主要居民是卢安达耕种者，某些地区住着牧牛者。帕特罗克勒斯从这些人中挑选了一些熟悉地形的人充为向导。经过多日的研究，在尽量避开火山的前提下，帕特罗克勒斯在图稿上勾勒出了一条最适合的开挖线路后，在南面河口奠基、动工。
当然，这条河道的开掘用时必然旷日持久，没个两三年根本不够，而且人数也是大大的不足，所以帕特罗克勒斯向西面的刚果腹地持续深入，抓了两三万奴隶，让整个刚果河中上游为之一空，没被抓走的也逃向刚果河左岸更远的地方了。帕特罗克勒斯把他们按照各自的氏族组建了公社组成开挖队伍，给他们分配各自的路段。
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